Über die Herkunft des Australian Shepherd gibt es viele Theorien. Eines ist sicher: Er kommt nicht aus Australien, sondern ist ein waschechter Amerikaner. Und so lässt sich auch am einfachsten seine Geschichte erklären. Vermutlich haben die Australian Shepherds verschiedene Hütehunde aus Europa unter ihren Vorfahren, die mit den Siedlern im 18. und 19. Jahrhundert ins Land kamen. Eine Theorie besagt, dass vor allem die Hunde der spanischen Basken waren, die um 1840 beim großen Goldrausch in Kalifornien in den Westen zogen, den Australian Shepherd beeinflussten.
Weitere Vorfahren sind vermutlich die Englischen und Schottischen Hütehunde, Dorset Blue Shags, Collies und andere Hütehunde britischer Abstammung, Altdeutsche Tiger und Bouvier des Flandres. Die Siedler legten wenig wert auf das Äußere. Ihnen war wichtig, dass die Hunde gute Wach- und Hütehunde waren. Bereits ehe mit der gezielten Zucht des Australian Shepherd begonnen wurde, gab es Hunde, die als Australische Hütehunde bezeichnet wurden. Das ging aber vor allem darauf zurück, dass diese Hunde Merino-Schafe, die in den USA auch als “Australian Sheep” bezeichnet wurden, hüteten. Andere Hunde, die im Westen der USA als Hütehunde eingesetzt wurden, trugen die Bezeichnung “kleine blaue stummelrutige Hunde” oder “kleine blaue Hunde”, was das Aussehen der Tiere gut beschrieb.
“Ghost-eyed Dogs” wurden sie aufgrund ihrer blauen Augen genannt. Diese Tiere mussten nicht nur die Farmen bewachen, sondern auch alle Tiere, die dort lebten, hüten. Das konnten neben Schafen alles Mögliche sein, angefangen von Enten und Gänsen bis hin zu Pferden und den Rinderherden, für die der Westen Amerikas berühmt war und ist.

In der Mitte des 20. Jahrhunderts machte sich vor allem ein Farmer in Colorado daran, die Hunde gezielt zu züchten. Auch bei ihm stand zunächst weniger das Aussehen als vielmehr die Fähigkeiten als Hütehund im Vordergrund. 1957 wurde der Australian Shepherd Club of America gegründet und es wurde damit begonnen, Zuchtbücher zu führen. Doch ein einheitlicher Standard wurde erst im Jahr 1977 aufgestellt.
Ob die Anerkennung als Rasse beim amerikanischen Dachverband beantragt werden sollte, war lange ein Diskussionsthema unter den Züchtern. Einige von ihnen vertraten die Meinung, dass der Australian Shepherd ein Arbeitshund war und bleiben sollte. Er sollte nicht zu einem Ausstellungsobjekt werden. Einige Züchter gründeten deshalb die United States Australian Shepherd Association, die sich weiter um die Anerkennung bemühte. 1993 wurde die Rasse schließlich in Amerika anerkannt. 1996 erfolgte die Anerkennung der internationalen Vereinigung FCI. Nach Deutschland kamen die ersten Australian Shepherds vor allem durch die zunehmende Begeisterung für das Westernreiten. Die klugen Hunde waren dabei oft die Begleiter der Pferde.